Lahir di Sukoharjo 2 Oktober 1962. Belajar wayang/mendalang dimulai dari SMKI Jurusan Pedalangan lulus tahun 1982, dengan karya akhir Pakeliran Ringkas Lakon Alap-Alapan Sukeksi, tahun 1986 lulus Seniman Pedalangan dengan judul, Pakeliran Padat Lakon Kasandhunging Rata Kabentusing Tawang, tahun 2003. Ia lulus S2 pada Program Pengkajian Seni Pertunjukan, Program Pascasarjana, Universitah Gadjah Mada dengan judul tesis, Makna Lakon Salya Begal Di Pondok Seni & Budaya Boediardjo. Tahun 2010 ia lulus S3 pada Program Pengkajian Seni Pertunjukan, Program Pascasarjana, Universitah Gadjah Mada dengan judul disertasi, Pakeliran Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta oleh Dalang Anak.
Sebagai dalang wayang kulit purwa dan wayang menak telah tampil di tingkat regional, nasional, dan internasional. Sejak tahun 1988 Junaidi diangkat sebagai tenaga pengajar di Jurusan Pedalangan, Fakultas Seni Pertunjukan, Institut Seni Indonesia Yogyakarta. Banyak naskah pakeliran singkat yang telah ditulisnya. Ia juga menciptakan wayang anak dan remaja dalam rangka sosialisasi nilai mengenalkan budaya wayang pada anak didik.
Junaidi telah menghasilkan beberapa karya tulis yang terkait dengan wayang. Tulisan yang dihasilkan di antaranya, “Simbolisme Busana Wayang Kulit Purwa Gaya Yogyakarta” (1989), “Pengajaran Pedalangan Di Pasinaon Dhalang Mangkunagaran” (1990). “Peranan Tokoh Wayang Kulit Purwa Dalam Pertunjukan Wayang Kulit” (1991), “Fungsi dan Makna Adegan Gara-Gara dalam Pakeliran Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta” (1992), “Perancangan Pakeliran Tutur Barata”, (1993), “Sabetan Wayang Dugangan dalam Adegan Prang Gagal Versi Ki Manteb Soedharsono”, (1996), “Pembuatan Gapit Di Kuwel”, (1997), “Perancangan Naskah Wayang Walisanga Lakon Sunan Kalijaga”, (2004), “Perancangan Wayang Anak-Anak: Suatu Peningkatan Apresiasi Wayang Kepada Anak Usia Sekolah Dasar” (2005-2006), “Perancangan Wayang Remaja: Sebagai Media Pendidikan Budi Pekerti dan Seni Hiburan Bagi Siswa SMP-SMA” (2007-2009), “Konsep Bunyi Sekaran Kendhangan untuk Gerak Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta” (2008-2009), “Konsep Penerapan Gending dalam Pakeliran Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta” (2011-2012), “Kontiunitas dan Perubahan Gending-Gending dalam Pakeliran Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta” (2011), “Wayangan Singkat Berbahasa Indonesia sebagai Alternatif Pengembangan Seni Tradisional”, (2012-213), “Pengembangan Wayang Orang Anak dan Remaja sebagai Penguatan Karakter Bangsa” (2014).
Beberapa karya dalam bentuk buku diantaranya adalah: Mengenalkan Wayang Untuk Anak, Jilid 1-3 (2010), Wayang: Sebagai Media Pendidikan Budi Pekerti Bagi Generasi Penerus, Jilid 1-4 (2011), Wayang Minangka Piwulang Budi Pekerti Dhumateng Laré, Jilid 1-4 (2012), dan Wayang Kulit Purwa Gaya Surakarta: Ikonografi & Teknik Pakelirannya (2012).